其次，核废料处理是我国核电产业最薄弱的环节。因为在运机组数量较少且绝大部分投运时间不长，所以当前核废料数量有限。但是在建的29台机组2020年全部投入运行后，乏燃料处理压力将马上凸显出来，大亚湾核电站到2018年就将面临乏燃料无法外运的难题。根据中国核能协会的数据，现有48台机组将使我国2020年乏燃料数量累计达到1万吨，并以每年1200吨的速度继续增加，而我国乏燃料运输能力仅为每年需求量的16%。虽然我国计划2030年建设一个年处理能力800吨的核废料储藏水池，但这远远不能满足需要。
将乏燃料从东部沿海地区长途运输到西北，是一件非常危险的事情，必须确保运输容器在任何“天灾人祸”下都安然无恙。目前中国还没有相应技术和设备来满足这种高难度的运输要求。此外，我们还需要为核废料的天价处置费用做好资金准备：目前国际上乏燃料后处理成本为1000美元/公斤，按全寿命周期产生量折算后，一个百万千瓦核电机组的投资要增加9000美元/千瓦。乏燃料后处理后仍需要寻找高放废物永久处置库，美国和日本的高放废物处置计划分别耗资575亿美元和3万亿日元。而遗憾的是，由于全世界尚没有一个永久处置库建成，人们至今也不知道在目前天价投资基础上还要再投入多少才能封顶，而美国尤卡山地下永久处置库工程在2010年累计烧钱高达400亿美元后正式终止。
第三，中国核电安全监管能力建设严重滞后。美国、日本、法国、德国、瑞典、瑞士于2009年联合进行的大规模核电厂事故调查显示，人为因素失误造成的核电厂事故占比平均超过60%，最高则达85%。所以法国核安全局每年对大型核用户的700[emoji:ff5e]800次核查中，除了涉及核电站的设计、设备，更重要的是检查评估核电运营商的组织管理、操作程序等反映核安全文化水准的指标。
与国际水平相比，中国核电安全监管能力建设严重落后：监管人员数量不足且普遍缺乏实际经验，安全监管经费投入也严重不足。根据环保部核与辐射安全中心的数据，2009年我国单台核电机组的监管经费是233万元人民币，而法国是983万美元、日本678万美元、美国788万美元。中国核电安全监管能力亟待提高。
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